Perjalanan sejarah Desa Patukangan dimulai sejak abad 19 yaitu sejak kehadiran para pendatang yang mayoritas adalah pemeluk agama Islam. Lahirnya Desa Patukangan erat kaitannya dengan masa perwalian pada abad itu, hal tersebud diantaranya tercermin dari adanya Makam Wali Gembyang yang terletak disebelah Timur Balai Kelurahan Patukangan yang lama yang terletak di Gang Gembyang I.

Secara etimologi Patukangan mengandung arti tukang-tukang. Pada zaman dulu sebagaian besar masyarakat daerah Patukangan adalah bermata pencaharian Tukang-tukang pembuat perahu pada sepanjang pinggiran sungai yang terletak di Wilayah Patukangan Barat yaitu sungai Kendal. Disebelah Desa Patukangan pada mulanya terdapat Desa Wiromenggolo, Yang karena adanya penyederhanaan pelaksanaan Pemerintah Desa kemudian digabungkan menjadi satu dengan nama  Desa Patukangan dan pada tahun 1984 Desa Patukangan disebut Kelurahan Patukangan.

Sebagaimana Desa-desa yang lain Kelurahan Patukangan yang letaknya dekat dengan Pantai Utara Pulau Jawa, maka tidaklah lepas dari penyebaran Agama Islam yang dibawanya oleh pedagang Islam melalui Pantai Utara sehingga mengakibatkan penduduk Kelurahan Patukangan mayoritas beragama Islam hingga sekarang.